谁也不能否认，佣金制出现的必然性，但佣金制也并非代理制的终点，其自身也仍存在着诸多不完善的地方；此外，在转型至佣金制的过程中企业除了必要的调整外，也面临着极大的风险，甚至部分企业及代理商很可能因为无法完成转型而被淘汰出局。因此，企业在向佣金制转型的同时，必须明晰其可能存在的不足及风险，从而做到万无一失。
佣金制的不足
事实上，虽然佣金制明显优于底价代理制，但从整个医药营销的坏境来看，代理制很可能在未来消亡，因此，佣金制并非最完美的，其也受自身特点的制约而存在一些不足：1、风险与收益不对等。在佣金制下，厂家承担了大部分的风险，但受多方因素影响，其收益又很难得到有效地保障；2、监管成本高。既包括对代理商的选择也有佣金制运行中产生的成本；3、对代理商的激励不足。底价代理制下，代理商收益高、成本低、风险小，但佣金制下，代理商不仅收益会降低，同时成本也会变高、风险也将增大，其通过努力赚取佣金的动力不足；4、对经营环境要求严格。佣金制中，产品的所有权和控制权发生了分离，所有者无法对产品进行有效控制，而控制者没有产品的所有权。这就要求有较高诚信度的市场经营环境，供销双方坦诚相待，相互理解，相互包容。
佣金制的风险
除了受制于自身特点的不足外，在向佣金制转型的过程中，厂家也必须面对一系列新的问题，如如何重建企业的营销团队和推广方式及如何处理复杂的财务关系以及规避法律风险。这其中，营销团队和推广方式的转变关乎其操作方式的选择，而法律关系的转变则考验企业的抗风险能力。
在我国目前的代理制结构中，由于没有严格的资质限制，代理商的身份相当复杂，因此其所面临的法律风险也各不相同。对于以公司形态（包括非医药经营资质的公司、个体工商户及合伙企业）存在的代理商而言，其转型的法律风险相对较低，厂家稍加注意便可规避，但对于目前大量存在的自然人群体而言，这种法律风险则相当棘手。根据中国医药企业管理协会法律工作部专家律师姚岚分析，自然人在向佣金制转变的过程中将面临：1、违法劳动用工的法律风险。由于厂家未与自然人身份的代理人签订劳动合同，未为其缴纳社保及工伤保险，一旦发生因公受伤，该自然人完全可以依据名片、商业发货和进销存的记录单、收取佣金的记录等通过劳动仲裁确认事实劳动合同，要求用人单位赔偿；2、逃税罪刑事法律风险。厂家把大量的佣金支付给个人的时候，并没有按税法要求代扣代缴个人所得税，因此会构成“逃税罪”；3、违反财务管理制度的行政法律风险。一般来说，厂家在委托自然人承担临床促销的同时，势必要在依约支付佣金的同时，接受大量杂乱的票据作为财务记账的凭证，计入经营成本，一旦在引发劳动法律纠纷或者涉嫌逃税罪的调查时，必将面临违反财务制度的行政处罚；4、商业贿赂类法律风险。药品购销领域向来是商业贿赂的重灾区，而一旦发生曝光事件，公司行为与个人行为其实是难以隔离开的，因此以厂家名义促销的自然人轻而易举地就会把促销行为的法律风险转化为厂家的商业贿赂风险。
当然，这种风险也并非无法控制，厂家既可以通过公司或者合伙的组织形式，将这些熟悉医疗机构市场前沿、擅长学术推广沟通技巧的专业人士以劳动用工关系聘用或合伙人的形式吸纳，也可以经过一系列法律、财务和战略的制度设计，例如协议安排、互持股权等，保证合作双方合理分享现实利益，适当安排未来利益，从而实现双方的良性发展。
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